Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Bengkalis (STAIN Bengkalis) sebagaimana di kenal pada saat sekarang ini merupakan peralihan nama Sekolah Tinggi Agama Islam Bengkalis yang sebelumnya dari Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah (STIT) yang berdiri pada tanggal 17 Juli 1988 yang di kelola oleh Yayasan Pendidikan Islam Al-Kautsar (YPIA) yang awalnya di bawah naungan Kopertais VI Sumbar, Riau dan Kerinci. Selama lebih kurang sembilan tahun di bina oleh IAIN Imam Bonjol Padang.

STIT Bengkalis yang kemudian disebut STAI Al-Kautsar Bengkalis didirikan berawal dari niat tulus Bapak Drs. Asy`ari Nur (ketika itu pegawai Departemen Agama), yang tidak terlalu berlebihan jika kita sebut beliau sebagai seorang yang berjiwa besar dan sangat memperhatikan masa depan Kabupaten Bengkalis khususnya bidang Pendidikan dan keguruan. Pemikiran pendirian STIT dilatarbelakangi dari keprihatinan beliau saat itu karena minimnya aparatur pemerintahan yang berkualifikasi sarjana Strata 1 diberbagai diberbagai instansi yang berada di Bengkalis.

Keseriusan pendirian STIT oleh Bpk. Drs.H.Asyari Nur, SH.MM kemudian ditindaklanjuti dengan pengajuan izin operasional PTAIS pada tahun 1989, ketika itu dipersiapkan beliau sebelum menunaikan Ibadah Haji. Dari keseriusan tersebut akhirnya berhujung manis setelah kurang lebih 40 hari setelah kepulangan beliau dari menunaikan Haji.

Selanjutnya pada bulan Oktober 1988 pembinaan STAI Bengkalis di alihkan kepada Kopertais Wilayah XII Riau-Kepri yang di bina oleh IAIN Susqa Pekanbaru (sekarang Universitas Islam Negeri Sultan Syarif Kasim Pekanbaru). Pergantian nama dari STIT ke STAI terjadi pada tahun 1999 dengan maksud memberi peluang untuk membuka fakultas lainnya sesuai dengan kebutuhan yang diinginkan.

STAI Bengkalis pada awal berdirinya,hingga tahun 1999 berkedudukan di jalan Pembangunan I. Masih menumpang di gedung SMPLB Kabupaten Bengkalis dan sejak tahun 2000 hingga sekarang STAI Bengkalis menempati Gedung Baru yang berlokasi di Jalan Lembaga Bengkalis dengan luas tanah ± 1.6 hektare. Yang merupakan hibah dari Pemerintah Kabupaten Bengkalis.

Periodesasi kepemimpinan STAI Bengkalis  berjalan 4 kali pergantian. Yang pertama Alm. Bapak H. Bengsabli, SH, kedua Drs.H. Asyari Nur, SH, MM ,ketiga Alm. Bpk Rahman Jalil, Sag.MM, dan keempat  Bpk Prof. Dr. H. Samsul Nizar, M.Ag

Sampai saat ini (2023) Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Bengkalis (STAIN) Bengkalis telah berumur 9 tahun dan STAI Al-Kautsar berumur 34 tahun. Hingga saat ini Lembaga Pendidikan Islam ini telah mampu menunjukkan perkembangan yang dapat di banggakan dengan aktivitasnya dan telah di rasakan manfaatnya oleh masyarakat perkotaan maupun pedesaan. Baik melalui kegiatan Kuliah Kerja Nyata, Praktek Pengajaran Lapangan, Pengisian wirid pengajian di mesjid-mesjid melalui safari Ramadhan, Perayaan hari-hari besar Islam dan juga menggelar kegiatan-kegiatan seni dan olah raga dan juga mengadakan seminar-seminar serta ikut di dalam berbagai kegiatan oleh Pemerintah Daerah maupun organisasi. Hal tersebut di lakukan oleh dalam upaya peningkatan sumber daya manusia dan juga mensosialisasikan STAIN itu sendiri kepada masyarakat luas. Dan tidak kalah pentingya adalah sebagai wujud nyata Tri Dharma Perguruan Tinggi yaitu pengabdian kepada masyarakat.

Kemajuan lain yang sangat dirasakan adalah peningkatan jumlah mahasiswa yang masuk ke Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Bengkalis dari tahun ke tahun. Sampai pada tahun ajaran 2022/2023 Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Bengkalis Bengkalis telah memiliki mahasiswa sebanyak  ± 3200 orang. Adapun jumlah alumnus terhitung sejak wisuda angkatan ke-VII Tahun 2005 yang telah menyelesaikan Gelar Sarjana Strata Satu (S1) sebanyak ± 4.600 orang dengan  rincian :

No	Angkatan	Tahun	Jumlah
1	VI	2005	135 Orang
2	VII	2006	61 Orang
3	VIII	2007	226 Orang
4	IX	2008	118 Orang
5	X	2009	220 Orang
6	XI	2010	199 Orang
7	XII	2011	301 Orang
8	XIII	2012	340 Orang
9	XIV	2013	275 Orang
10	XV	2014	210 Orang
11	XVI	2015	188 Orang
12	XVII	2016	146 Orang
13	XVIII	2017	154 Orang
14	XIX	2018	154 Orang
15	XX	2019	218 Orang
16	XXI	2020	427 Orang
17	XXII	2021	567 Orang
18	XXIII	2022	679 Orang

Dalam pencapaian keberhasilan tersebut,ucapan terima kasih atas segala perhatian dalam, sumbangan pikiran, bantuan moril maupun materiil terutama kepada Pemerintah Kabupaten Bengkalis, IAIN Imam Bonjol, Universitas Islam Negeri Suska Riau, Kopertais Wilayah XII Riau-Kepri, Para Dosen, Alim Ulama, Cerdik Pandai serta masyarakat Kabupaten Bengkalis secara keseluruhan.

Pertama berdiri di tahun 1988 STAI Bengkalis merupakan yayasan yang dikembangkan Dr Asyari Nur. Beliau secara sukarela menyerahkan jerih payahnya kepada pemerintah dan Negara demi anak bangsa di Negeri Junjungan Kabupaten Bengkalis bisa mengecap pendidikan berkualitas dan bergengsi yang dapat dipertanggungjawabkan. Dalam perjalanannya, banyak suka dan duka serta titisan air mata untuk mengembangkan lembaga pendidikan STAI Bengkalis tersebut yang berangkat dari keingingan untuk mengangkat anak negeri yang terlalu jauh ke pusat provinsi dalam mengecap pendidikan. Titis air mata, kesedihan, dan canda tawa itu akhirnya terobati saat Menteri Agama, Lukman Hakim Saefuddin, akhirnya membubuhkan tanda tangan pada Jumat, 19 September 2014, yang menandai perubahan status STAI menjadi negeri. Selanjutnya, dengan seiring perjalanan waktu, maka saat ini STAIN Bengkalis sudah dimasukan dalam sistem penerimaan mahasiswa nasional. Dan ternyata mahasiswa yang berminat untuk masuk ke STAIN Bengkalis sangat besar yang terlihat dari animo calon mahasiswa dari berbagai daerah.